字节Seed发布PXDesign：蛋白设计效率提升十倍，进入实用新阶段

字节跳动Seed团队的Protenix项目组近期推出了一种高效的蛋白设计方法——PXDesign。这一方法在24小时内可生成数百个高质量候选蛋白，效率较业界主流方法提升约10倍，并在多个靶点上实现20%-73%的湿实验成功率，远超DeepMind AlphaProteo的9%-33%。此外，团队还提供免费在线binder设计服务，助力科研加速。

蛋白质是生命活动的核心，而设计能精确结合目标蛋白的结合蛋白（binder）对疾病治疗意义重大。传统方法依赖高成本、低效率的高通量筛选，而PXDesign通过“生成+过滤”组合策略显著提升了设计效率和成功率。

生成：快速高效
PXDesign采用两种技术路线：基于扩散模型的PXDesign-d和基于幻觉生成的PXDesign-h。其中，PXDesign-d表现尤为突出，在生成质量、通量和结构多样性上均优于现有方法，尤其在高难度靶点上的效率提升数倍甚至数百倍。其优势源于复杂度更低的DiT网络结构，大幅降低了计算开销。

过滤：精准稳定
生成的候选蛋白需经过筛选，团队利用自研的Protenix结构预测模型进行评估。相比AlphaFold 2，Protenix更准确、更快且更稳定，尤其适合大规模筛选。团队还开发了Protenix-Mini系列模型，将原本200步的扩散过程简化至2步，效率大幅提升。

从算法到应用：让蛋白设计走向开放
为加速binder设计，团队推出了两款工具：
1. PXDesign Server：一站式在线设计服务，提供快速调试（Preview）和深入研究（Extended）两种模式，显著缩短设计周期。
2. PXDesignBench：系统化评估工具箱，整合主流指标与流程，推动领域标准化，所有代码已开源。

字节并非唯一布局生物领域的科技公司，微软和苹果也相继推出相关工具。AI正从学术界迈向工业界，未来生物与制药行业或将成为科技巨头竞逐的新高地。

项目主页：https://protenix.github.io/pxdesign/
PXDesign Server：https://protenix-server.com
PXDesignBench：https://github.com/bytedance/PXDesignBench